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Article

Efficient high order schemes for stiff ODEs in cardiac electrophysiology

Charlie Douanla Lontsi (1) (2), Yves Coudière ORCID (1) (3) (2), Charles Pierre (4)
(1) Modélisation et calculs pour l'électrophysiologie cardiaque
(2) IHU-LIRYC
(3) Institut de Mathématiques de Bordeaux
(4) Laboratoire de Mathématiques et de leurs Applications [Pau]
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Open on HAL
Submitted on
January 26, 2017
Accepted on
April 14, 2018
Published on
April 25, 2018
Last modified on
March 31, 2025
Special issue 28
Volume 28 - 2018 - 2019 - Mathematics for Biology and the Environment
DOI
10.46298/arima.2668
License
https://about.hal.science/hal-authorisation-v1
French National Research Agency (ANR)
ANR-13-MONU-0004
Modèles numériques haute résolution de l'électrophysiologie cardiaque
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1266
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Efficient high order schemes for stiff ODEs in cardiac electrophysiology

Charlie Douanla Lontsi (1) (2), Yves Coudière ORCID (1) (3) (2), Charles Pierre (4)
(1) Modélisation et calculs pour l'électrophysiologie cardiaque
(2) IHU-LIRYC
(3) Institut de Mathématiques de Bordeaux
(4) Laboratoire de Mathématiques et de leurs Applications [Pau]
Abstract
English
In this work we analyze the resort to high order exponential solvers for stiff ODEs in the context of cardiac electrophysiology modeling. The exponential Adams-Bashforth and the Rush-Larsen schemes will be considered up to order 4. These methods are explicit multistep schemes.The accuracy and the cost of these methods are numerically analyzed in this paper and benchmarked with several classical explicit and implicit schemes at various orders. This analysis has been led considering data of high particular interest in cardiac electrophysiology : the activation time ($t_a$ ), the recovery time ($t_r $) and the action potential duration ($APD$). The Beeler Reuter ionic model, especially designed for cardiac ventricular cells, has been used for this study. It is shown that, in spite of the stiffness of the considered model, exponential solvers allow computation at large time steps, as large as for implicit methods. Moreover, in terms of cost for a given accuracy, a significant gain is achieved with exponential solvers. We conclude that accurate computations at large time step are possible with explicit high order methods. This is a quite important feature when considering stiff non linear ODEs.
French
Dans ce travail, nous analysons le recours aux solveurs exponentiels d’ordre élevé pourdes EDO raides dans le contexte de la modélisation en électrophysiologie cardiaque. Nous nousintéressons en particulier aux schémas exponentiels Adams Bashforth et Rush Larsen de l’ordre 2à 4. Ces schémas sont explicites et multi-pas. La précision et le coût de ces méthodes sont analysésnumériquement et comparés avec plusieurs schémas explicites et implicites classiques à diversordres. Cette analyse nous permet de calculer des valeurs informatives qui ont un interêt particulieren électrophysiologie cardiaque: Le temps d’activation (ta), le temps de restitution (tr) et la durée dupotentiel d’action (APD). L’étude est faite à travers le modèle ionique Beeler Reuter, spécialementconçu pour les cellules ventriculaires cardiaques. Nous montrons que malgré la raideur des équations,les schémas exponentiels permettent de faire des calculs à des pas de temps aussi grand quepour des schémas implicites. De plus pour une précision donnée, un gain significatif en terme de coûtest obtenu avec des solveurs exponentiels. Nous concluons qu’il est possible de faire des calculsprécis à des grands échelles de temps avec des schémas explicites d’ordre élevé. Ce qui est unecaractéristique très importante quand il s’agit des EDO raides et non linéaires.
Keywords
English
  • [MATH.MATH-NA]Mathematics [math]/Numerical Analysis [math.NA]
  • stiff ordinary differential equations
  • cardiac electrophysiology
  • high order schemes
  • Exponential schemes
French
  • schémas exponetiels
  • équations aux dérivées ordinaires raides
  • Electrophysiologie cardiaque
  • schémas d’ordre élevé
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